在转入流程上，两款产品流程都相对简单，依据网络情况，5-10秒之内便可以完成申购。不过考虑每天打开微信的频率要高于支付宝钱包，理财通在随时随地转入以及随时查看收益方面，较余额宝更有吸引力。
不过，目前也有相当比例的投资者每天起床的第一件事就是———打开支付宝钱包查看收益。今年2月12日，余额宝没有在凌晨发放收益，成为互联网圈大事件。
转入额度上，余额宝更胜一筹。用余额转入余额宝无额度限制，用借记卡快捷转入余额宝不同银行额度不同。目前借记卡快捷转入支持工行、建行、农行、邮储、中行5家无限额支付，其他银行额度大多在5万元以内，每个账户资金不超过100万元。而微信理财通转入时必须要绑定银行卡，多数银行对转账额度做出了限制，甚至有部分银行规定每日每笔转账额度不得超过5000元。
转出额度方面，微信理财通每个账户每日转出金额不超过6000元，每日可转出3次；余额宝电脑端证书用户：单笔5万元，单日5万元，单月20万元；非证书用户：单笔2万元，单日2万元，单月20万元；无线端：单笔5万元，单日5万元，单月20万元。在转出次数和额度限制上，一个账户一天最多可操作3次转出至银行卡。
到账时间，微信理财通支持工行、农行、建行等11家银行2小时到，其他银行1-3天内到账。余额宝单笔5万元以下(含5万)，第二个自然日24点前到账；单笔高于5万元，提交后的一个工作日内24点前到账；实时到账：仅支持中信、光大、平安、招行卡通；2小时到账：仅支持无线，日累计5万以内(含)，且在该卡服务时间内。
收益率上，前期一度理财通的收益率高出余额宝。不过，最新两者的收益率均逐步回落，理财通的收益优势也逐渐消失。
在消费体验上，余额宝优势更为明显，其可以直接用来消费、购物，理财通不可以，除非你先转出到银行卡。
综上，余额宝在额度上、转出到账时间以及消费可用性上占优，理财通在操作便捷性上更胜一筹。
